Mengikut Kelulusan Perjawatan Bil. 63 Tahun 2004 berkuatkuasa 1 Januari, 2004, Jabatan Kewangan dan Perbendaharaan Negeri mempunyai 3 bahagian yang terdiri daripada unit-unit seperti berikut :
1) Bahagian Khidmat Pengurusan :
2) Bahagian Pengurusan Kewangan
3) Bahagian Pengurusan Perakaunan